Éditions Tombouctou a été cofondée en 2007 par les écrivains maliens Ibrahima Aya et Aida Mady Diallo. Du nom de la célèbre cité du savoir et de l’écrit, elle veut donner aux auteurs et autres porteurs de texte, le moyen d’exprimer leur parole vers le continent africain et le grand monde. Elle ambitionne de produire et de diffuser de l’écrit de qualité et à des prix abordables pour le marché local notamment, contribuant ainsi à ce que le Mali et l’Afrique se racontent à eux-mêmes et au Monde.
Éditions Tombouctou est à l’initiative de la « Rentrée littéraire du Mali », l’événement littéraire de référence au Mali, créé en 2008, qui a fêté ses 10 ans en février 2018 et qui accueille depuis quelques années entre 40 et 50 écrivains étrangers par édition.
Aussi, depuis l’éclatement en 2012 de la crise sécuritaire, institutionnelle et identitaire au Mali, Éditions Tombouctou est à l’initiative de plusieurs réflexions collectives qui se sont traduites par l’édition d’ouvrages de références sur cette crise et le Mali : Voix hautes pour Tombouctou, Le Mali entre doutes et espoirs, L’Afrique des laïcités, Le Mali contemporain, Régionalisation au Mali, Enjeux de la reconstruction au Mali...