L’Alliance a adopté une organisation interne originale, respectueuse à la fois des principes démocratiques et du fonctionnement d’un réseau international. L’aventure de l’Alliance repose avant tout bien entendu sur les éditeurs membres, collectivement réunis au sein de l’Assemblée des alliés et représentés par le Comité international des éditeurs indépendants (CIEI), mais aussi sur un Bureau – garant du respect des décisions prises par les éditeurs – et d’une équipe permanente. Par ailleurs, de fidèles bénévoles permettent la mise en place d’activités qui ne pourraient pas voir le jour sans elles.
